Theo Quyết định 1990/QĐ-ĐHKT-NHSU ngày 17/07/2018 của Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế TP. Hồ Chí Minh xác định cơ cấu tổ chức của trường như sau:

Hội đồng trường, Hiệu trưởng và Phó Hiệu trưởng

• Chủ tịch Hội đồng trường: TS. Trần Thế Hoàng
• Hiệu trưởng: GS.TS. Nguyễn Đông Phong (kiêm Bí thư Đảng ủy)
• Chủ tịch Hội đồng tư vấn (kiêm Phó Bí thư Đảng ủy)
• Phó Hiệu trưởng: GS.TS. Nguyễn Trọng Hoài
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS. Nguyễn Hữu Huy Nhựt

Các Phòng/ Viện chức năng

• Văn phòng trường
• Phòng Nhân sự
• Phòng Quản lý khoa học - Hợp tác quốc tế
• Phòng Quản lý đào tạo - Công tác sinh viên
• Phòng Quản lý đào tạo Tại chức
• Viện Đào tạo Sau đại học
• Viện Đào tạo quốc tế
• Phòng Truyền thông và quan hệ công chúng
• Phòng Kế hoạch đào tạo - Khảo thí
• Phòng Đảm bảo chất lượng - Phát triển chương trình
• Phòng Công tác chính trị
• Phòng Tài chính - Kế toán
• Phòng Công nghệ thông tin
• Phòng Cơ sở vật chất
• Phòng Thanh tra

Các khoa, viện đào tạo

• Khoa Kinh tế(School of Economics)
• Khoa Quản trị (School of Management)
• Khoa Kinh doanh quốc tế - Marketing (School of International Business - Marketing)
• Khoa Tài chính công (School of Public Finance)
• Khoa Tài chính (School of Finance)
• Khoa Ngân hàng (School of Banking)
• Khoa Kế toán (School of Accounting)
• Khoa Toán - Thống kê (School of Mathematics and Statistics)
• Khoa Hệ thống thông tin kinh doanh (School of Business Information Technology)
• Khoa Lý luận chính trị (Faculty of Political Studies)
• Khoa Luật (School of Law)
• Khoa Quản lý nhà nước (School of Government)
• Khoa Ngoại ngữ kinh tế (School of Foreign Languages for Economics)
• Viện Đào tạo quốc tế (International School of Business)
• Viện Du lịch (School of Tourism)
• Ban Giáo dục thể chất (Faculty of Physical Training)

Ban chuyên môn

• Ban Giáo dục thể chất

Đơn vị tham gia quản lý và phục vụ đào tạo

• Thư viện
• Trung tâm Hỗ trợ sinh viên
• Trung tâm Phát triển khởi nghiệp
• Nhà xuất bản Kinh tế TP. Hồ Chí Minh
• Trạm Y tế

Đơn vị Khoa học công nghệ – Thông tin kinh tế

• Tạp chí Nghiên cứu Kinh tế và Kinh doanh Châu Á
• Viện Nghiên cứu phát triển nguồn nhân lực
• Viện Nghiên cứu kinh tế phát triển
• Viện Chính sách công
• Viện Đổi mới sáng tạo
• Viện Ngôn ngữ - Quốc tế học
• Viện Kinh tế môi trường Đông Nam Á
• Viện Nghiên cứu kinh doanh
• Trung tâm Dữ liệu - Phân tích kinh tế
• Trung tâm Nghiên cứu và phát triển quản trị

Các công ty, trung tâm dịch vụ - lao động sản xuất

• Công ty TNHH một thành viên Sách Kinh tế
• Công ty TNHH một thành viên In Kinh tế

Cơ sở tại các địa phương

• Cơ sở Nghiên cứu và Đào tạo cao cấp tại Duyên hải Nam Trung bộ
• Cơ sở Nghiên cứu và Đào tạo cao cấp tại Đồng bằng sông Cửu Long

Tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội

• Đảng bộ
• Công đoàn trường
• Đoàn TNCS Hồ Chí Minh
• Hội sinh viên Việt Nam
• Hội Cựu chiến binh

Tổ chức quân sự, phòng cháy và chữa cháy

• Ban Chỉ huy quân sự
• Trung đội Dân quân tự vệ
• Đội Phòng cháy chữa cháy

Hội đồng khoa học và đào tạo

Hội đồng tư vấn

UEH-Alumni

Các chương trình, dự án hợp tác đào tạo quốc tế

Học tại Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh, cấp bằng của trường đại học nước ngoài.

• Chương trình Victoria Wellington (New Zealand) :

Bậc đào tạo: Đại học. Bằng cấp: Cử nhân Thương mại và Quản trị

• Chương trình Curtin (Úc) :

Bậc đào tạo: Đại học. Bằng cấp: Cử nhân Quản trị Kinh doanhBậc đào tạo: Cao học. Bằng cấp: Thạc sĩ Kinh doanh Quốc tế

• Chương trình Fulbright (Mỹ) :

Bậc đào tạo: Cao học. Bằng cấp: Thạc sĩ Chính sách công

• Chương trình Hà Lan :

Bậc đào tạo: Cao học. Bằng cấp: Thạc sĩ Kinh tế Phát triển

• Chương trình CFVG (Pháp) :

Bậc đào tạo: Cao học. Bằng cấp: MBA, Thạc sĩ Kinh tế, Thạc sĩ Ngân hàng và Tài chính, Thạc sĩ Marketing

• Chương trình Western Sydney (Úc) :

Bậc đào tạo: Cao học. Bằng cấp: Thạc sĩ Quản trị Kinh doanh và Thương mạiBậc đào tạo: Nghiên cứu sinh. Bằng cấp: Tiến sĩ Kinh tế (Nghiên cứu sinh học giai đoạn 1 tại Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh, giai đoạn 2 tại Đại học Western Sydney)